税率ごとの請求金額・消費税額を管理できますか?

はい、可能です。

「請求情報」画面にて税率ごとの税抜金額・消費税額を入力・保持でき、仕訳情報との金額の整合性チェック(不一致時の警告表示)にも対応しています。