独自の勘定科目や補助科目を設定して出力することは可能ですか?

はい、可能です。

「仕訳パターン設定」機能により、自社で使用している勘定科目、補助科目、部門などをあらかじめ登録できます。請求書データからこれらの項目を自動で割り当て、そのまま会計ソフト用データとして出力できるため、手入力によるミスを排除できます。