1つの取引先に対して、複数の振込先口座を使い分けることはできますか?

はい、可能です。

「取引先設定」において、1つの取引先に対して最大10件までの振込先口座を登録できます。請求書ごとに支払先の口座を選択できるため、取引内容に応じた柔軟な運用が可能です。