振込手数料の「先方負担」や「当方負担」の自動計算には対応していますか?

はい、対応しております。

取引先マスタに「手数料負担区分」を設定しておくことで、FBデータ作成時に手数料を差し引いた金額を自動算出します。振込金額ごとの手数料パターンも登録できるため、毎月の計算ミスを防げます。