FBデータで振込額は集計されますか?

はい、FBデータでは振込額が集計されます。

振込額の集計は、振込先口座情報と手数料負担が同一である請求書データのみまとめて行われる仕組みであり、これらの条件が異なる請求書は別々に集計されます。
振込先や手数料の設定内容により集計結果が変わります。