仕訳の「摘要」欄の出力文字数を制限できますか?

はい、制限可能です。

仕訳出力設定において、摘要欄の出力する最大桁数を設定できる仕様となっており、実際の出力時には設定した桁数を超える文字が切り捨てられます。
なお、文字数のカウントは半角換算で行われるため、全角1文字は半角2文字として扱われます。